输尿管软镜在此处指的是输尿管软镜碎石术，经皮肾镜碎石取石术和输尿管软镜碎石术哪种好不能一概而论，两种手术方式各有优缺点，不同的患者适合不同的手术。
经皮肾镜碎石术对大多数肾结石均可进处理，尤其直径较大的肾结石更适合，即直径>2cm的肾结石。若患者的肾结石直径>2cm或含有复杂肾结石，临床上通常建议患者行经皮肾镜碎石术，此种手术方式能有效降低碎石时间、提高结石清除率。
但是，对于结石直径≤2cm的肾结石患者来说，采用输尿管软镜碎石术可能更适合，输尿管软镜可到达肾盏和肾盂位置，对机体产生的伤害较小，术中出血量少，术后并发症较少。