尿道取石是否痛苦和手术方式、患者个人体质、病情严重程度等均有关系。
若患者进行尿道取石的治疗时采用的是微创手术，如输尿管镜下取石，损伤较小；尿道取石一般都会进行麻醉，患者对麻药适应性良好，疼痛的敏感度通常会较低；患者结石的严重程度较轻，如结石较小、并发症较轻等。当患者存在上述几种情况，则在手术过程及术后恢复期间内感受到的疼痛并不明显，甚至感觉不到痛苦。
但是，若患者采用了传统手术，如切开尿道取石，创口较大，不易于恢复，或者患者对麻药不敏感，疼痛的敏感度较高，都可能使患者感到明显的痛苦。另外，若尿道的结石较大，由于术后护理不当引起严重的并发症等情况，患者也会出现比较痛苦的表现，如尿血、局部瘙痒或肿痛等。