真菌性食管炎可采用中医药治疗辅助缓解症状，主要方法包括中药内服、饮食调节和生活护理。
真菌性食管炎中医认为多由脾胃虚弱、湿热内蕴所致，治疗以健脾化湿为主。对于无明显吞咽疼痛的患者，可使用藿香正气散加减，含藿香、厚朴等药材，有助于化湿和胃。伴有胸骨后灼痛者适用半夏泻心汤，含半夏、黄芩等成分。存在口干舌燥症状时，可选用沙参麦冬汤滋阴润燥。真菌感染明显时可配合使用黄连解毒汤清热燥湿。日常可用薏苡仁、山药等食材熬粥食用，注意忌食辛辣刺激食物。所有中药应在中医师辨证后使用，建议配合西药抗真菌治疗，定期复查胃镜观察疗效。
治疗期间需保持口腔清洁，避免烟酒刺激，饮食宜少量多餐，选择易消化的流质或半流质食物。注意观察有无呕血、黑便等消化道出血症状，出现持续发热、吞咽困难加重等情况应及时复诊。病情稳定后可逐步恢复普通饮食，但仍需避免过烫、过硬食物，适当进行八段锦等柔和运动增强体质。